食品微生物检测是食品安全检测细分的一个类目，是食品安全的重要组成部份。食品微生物检测是衡量食品卫生质量的重要指标。通过对食品进行微生物检测可以判断食品加工环境及食品卫生情况为各项卫生管理工作提供科学依据，从而保障人民的身体健康。 我国开展食品微生物检测的重点食品种类为：奶制品、罐头食品、调味品、蛋制品、淀粉类制品、发酵和非发酵性豆制品、冷冰饮品、糖果、饮用天然矿泉水等，其中食糖以及保健品的微生物检验为我国所独有。目前，我们国家对于食品微物检测主要指有菌落总数、大肠菌群和致病菌三项。
有害菌：菌落总数、大肠菌群、粪大肠菌群及大肠杆菌0:157、霉菌和酵母菌、致病菌(沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌)
有益菌：双歧杆菌 、乳酸菌