选择LED光子治疗仪二类医疗器械代办公司时，可以考虑以下几个关键因素：
1. 经验和性：行业经验： 选择具有丰富经验和良好声誉的公司，尤其是在医疗器械注册方面有成功案例的公司。
团队： 确保代办公司拥有的团队，包括的工程师、法律顾问和质量管理专家。
2. 成本和费用结构：清晰费用结构： 了解代办公司的费用结构，并确保清楚了解他们的服务范围和费用覆盖的内容，避免隐藏费用。
3. 服务范围：全面的服务： 寻找能提供全面服务的公司，涵盖从文件准备到监管机构沟通和代办审核全程的服务，以及持续的合规性维护。
4. 参考和口碑：客户参考和口碑： 查询该公司的客户参考，了解其他客户的体验和评价，可以更好地了解其服务质量。
5. 沟通和支持：有效沟通： 选择与您沟通顺畅并且能够提供良好支持的公司，因为注册过程中可能需要频繁的交流和协作。
6. 法规了解：对国内外法规了解： 代办公司需要了解国内外相关的法规和标准，确保注册过程符合要求。
综合考虑以上因素，选择一家经验丰富、可靠、价格合理并能提供全面服务和良好口碑的代办公司将有助于顺利完成LED光子治疗仪二类医疗器械的注册过程。好在选择之前咨询多家公司，了解他们的服务和费用，以便做出合适的决策。