南京外资分公司注册流程主要包括以下几个步骤：
企业名称预先登记：向南京工商局提交企业名称预先登记申请书，提供相关身份证明和股东身份证明等资料。工商局会在五个工作日内进行名称查询，若无重名情况，即可开始办理营业执照1。
办理营业执照：提交外资分公司设立登记申请书、隶属公司（总公司）营业执照副本复印件、法人身份证复印件、隶属公司（总公司）章程原件及复印件、分公司负责人任职文件及身份证复印件、租赁合同（必须以隶属公司（总公司）名义签订并备案）等材料。工商局在材料齐全的情况下，20个工作日内完成审批并发放营业执照1。
办理组织机构代码证：提交组织机构代码申请表、分公司营业执照复印件、隶属公司（总公司）营业执照副本和组织代码证副本复印件、法人身份证复印件、分公司负责人身份证明文件等材料。技术监督局在1个工作日内完成审批并发放组织机构代码证1。
办理税务登记证：提交税务登记表、隶属公司（总公司）营业执照副本、组织代码证副本、国税副本复印件、法人身份证复印件、股东身份证复印件、分支机构核算形式证明原件、分公司营业执照副本复印件、组织机构代码证副本复印件、租赁合同原件及复印件、分公司负责人身份证原件及复印件等材料。税务局在20个工作日内完成审批并发放税务登记证1。
办理统计证：向统计局提交相关材料，统计局在1个工作日内完成审批并发放统计证2。
外汇登记：根据公司需要选择办理外汇登记，可以直接开人民币账户2。
海关登记：无需办理海关登记2。
特殊行业审批：若涉及特殊行业审批项目，需在办理工商注册登记前，先办理行业审批许可证2。
所需时间：整个注册流程大约需要43个工作日2。
所需材料：
外资分公司设立登记申请书（法人签字）
隶属公司（总公司）营业执照副本复印件（加盖公章）
法人身份证复印件（加盖公章）
隶属公司（总公司）章程原件及复印件（加盖公章）
分公司负责人任职文件及身份证复印件（加盖公章）
租赁合同（必须以隶属公司（总公司）名义签订并备案）
贸工局批准文件（视经营范围决定）1。