逾期未年检的两地车牌会被处罚，具体情况如下：
内地方面的处罚：
扣分：如果驾驶逾期未年检的两地车牌车辆在内地道路上行驶，被交警查到，会扣 3 分。
罚款：同时会处以 200 元的罚款。
扣留车辆：对于上道路行驶的机动车未放置检验合格标志的，交警有权扣留机动车。
香港方面的处罚：
取消车辆登记证：根据香港运输署的规定，如果持有两地车牌的车主在牌照满年检内未提交车辆牌照年检且过期不处理，将会取消香港车辆登记证，车辆将失去合法上路行驶的资格。
罚款及其他处罚：除了取消车辆登记证外，车主还可能面临罚款等其他处罚措施，不过具体的罚款金额和处罚方式会根据具体情况有所不同。
此外，逾期未年检的两地车牌车辆如果发生交通事故，当事人可能需要承担更大的法律责任。因为未经过年检的车辆可能存在安全隐患，这些隐患可能导致事故的发生或加重事故的严重程度。