干细胞实验室平面布局是实验室设计的基础，只有按照功能分区和工作流程的需求做好相应的平面布局规划才能确保后续的水、电、风等专业的设计，平面布局设计阶段应尽可能地详细考虑工作和发展的需求，合理配置空间，尽量优化整合。除了布局的优化和仪器设备的摆放位置的设计外，还应充分考虑到人员流动与物品流动的方向是否符合工作要求。例如，为了避免实验人员频繁跑动，前处理室应该和仪器室在同一楼层;气瓶室应和气相色谱仪、气质联用仪等仪器在同一楼层;尽量让单层面积大化，以避免楼层过多，每一层都要设置洗涤室、样品室以充分利用空间;生物安全室应合理布局洁净区、半洁净区、污染区，以避免交叉污染。
常用细胞培养器皿有培养瓶,培养板,培养皿等，常准备量是使用量的三倍，.器皿应选择透明度好,利于细胞粘附和生长的材料,常用一次性聚苯乙烯材料制品或中性硬度玻璃制品，常用的器皿有下面几种：
(1)液体储存瓶:用于储存各种配制好的培养液,血清等液体,常用规格有500ml,250ml,100ml等几种。
(2)培养瓶:根据培养细胞种类要求不同培养瓶的形态各异,用于细胞传代培养的细胞要求瓶壁厚簿均匀,便于细胞贴壁生长和观察,瓶口要大小一致,口径一般不小于1cm,允许吸管伸入瓶内任何部位,规格200ml,100ml,50ml,25ml,10ml等几种。
(3)培养皿:用于开放式培养及其它用途，分直径30mm,60mm,120mm等几种。
(4)吸管:常用的有长吸管和短吸管两类,长吸管也称刻度吸管.其改良后管上部有球型刻度称改良吸管,刻度吸管用于移动液体，常用1ml和10ml两种.短吸管也叫滴管,分弯头和直头两种。
(5)离心管:离心管是细胞培养中使用最广泛的器皿,根据用途不同形态各样,常用于细胞培养的离心管有大腹式尖底离心管和普通尖底离心管两类，前者分别为50ml,30ml,15ml;后者则多为10ml和5ml。
(6)其它:如三角烧瓶,烧杯,量筒,漏斗,注射器等。
无菌操作区只限于细胞培养及其他无菌操作的区域，能与外界隔离，不能穿行或受其他干扰。理想的无菌操作室应划为三部分：更衣室、缓冲间、无菌操作间。更衣室供更换衣服、鞋子及穿戴帽子和口罩；缓冲间位于更衣间与操作间之间，目的是为了保证操作间的无菌环境。无菌操作间专用于无菌操作、细胞培养；其大小要适当，且其顶部不宜过高，不超过2.5m，以保证紫外线的有效灭菌效果；墙壁光滑无死角以便清洁和消毒。工作台安置不应靠墙壁，台面要光滑压塑作表面，漆成白色或灰色以利于解剖组织及酚红显示pH的观察。
清洁和消毒灭菌区应与其他区域分开，主要进行所有细胞培养器皿的清洗、准备、消毒及三蒸水制备等工作。储藏区：主要存放各类冰箱、干燥箱、液氮罐、无菌培养液、培养瓶等，此环境也需要清洁无尘。孵育区：本区对无菌的要求虽不比无菌区严格，但仍需清洁无尘，因此也应设置在干扰少而非来往穿行的区域。孵育可在孵箱或可控制温度的温室中进行，后者费用高，一般实验室多采用孵箱进行工作。制备区：在该区主要进行培养液及有关培养用的液体等的制备。