许多细胞事件，如细胞增殖、细胞分化和细胞死亡，都是由蛋白与蛋白间相互作用控制的。细胞内蛋白质的一些动态特征可以通过相互作用而改变。例如，底物结合和催化活性可以被改变；产生新的结合位点，改变蛋白质对底物的特异性。一些蛋白质可以失活来调节其他基因的表达。只有当蛋白与蛋白间相互作用被调节时，正常的细胞活动才能进行。免疫共沉淀（Co-IP）和下拉法（Pull-down）是用于确定稳定的蛋白与蛋白相互作用的分析方法。
免疫共沉淀（Co-IP）：免疫共沉淀在体外检测两种蛋白质之间特定相互作用的存在。Co-IP的原理是当细胞在非变性条件下裂解时，许多细胞内蛋白互作被保留下来。如果蛋白X由一个抗体免疫沉淀下来，与蛋白X结合的蛋白Y也可以被沉淀下来。通过研究蛋白Y，可以确定蛋白X和Y之间的相互作用。
优点：1. 在Co-IP分析中，诱饵蛋白和猎物蛋白是天然构象的；2. 诱饵蛋白与猎物蛋白间的相互作用发生在体内，受外界影响较小；3. 不需要克隆和异源表达，如果有抗体，该分析很快。
缺点：1. 低亲和力或蛋白质间短暂的互作可能不会被检测到；2. 由于不能排除其他蛋白参与的可能，因此Co-IP的结果不能确定相互作用是直接的还是间接的；3. 该方法非通用，需要有特定的抗体。
Pull-down：Pull-down试验是一种体外亲和纯化方法，使用诱饵蛋白来富集与诱饵蛋白互作的蛋白质。Pull-down试验的基本原理是使用与标签(如GST标签、His标签和生物素标签)融合的蛋白质固定在亲和树脂上作为诱饵蛋白质。当目标蛋白或细胞裂解液流过时，能够与诱饵蛋白结合的猎物蛋白可以被捕获并被拉下。洗脱后，使用蛋白质印迹或质谱分析，可以证实预测的相互作用或发现以前未知的相互作用。
优点：1. 能纯化低丰度蛋白质复合物；2. 常用于体外转录或翻译系统。
缺点：1. 蛋白质标签的存在可能会影响与内源性复合物的竞争结果；2. 并不能真正反映蛋白质之间的相互作用，因为它们不一定会在体内相遇，所以这并不意味着它们在生理上是结合的。
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