主要区别有：
1.自然人股东为—个具体的人，个人享有并直接行使股东利并承担义务，如参加股东会，查阅财务会计资料、领取股红等。
2.法人股东是一个组织，作为抽象的依法拟制的实体，其利义务的行使承担，需通过具体人的行为来完成，方式为派出股东代表，凭授委托手续代表其完成，后果由组织承担。
实质区别在于利义务行使承担方式不同。
自然人股东是相对法人股东而言的，是具有公民身份的个人投资者，在他进行公司的投资以后通过公司所在地的工商局注册，进行公司股登记，就成为自然人股东。自然人是基于自然出生而依法在民事上享有利和承担义务的个人。股东是股份制企业的出资人或叫投资人。
法人是企业的负责人,股东只是公司的资金投入者。而一般的公司的法人都是由董事长(即股份持有最多的人)来担任的。法人享有经营管理的权力，而股东只是投资者，享有收益等权利。在跟其他公司签合同时，只有企业法人签字才有效。
公司法人代表的条件
根据法律、法规的有关规定，具备企业法人条件的企业，经国家授权的审批机关或主管部门审批和登记主管机关核准登记注册，其代表法人行使职权的主要负责人是企业法人的法定代表人。
法定代表人的签字应向登记主管机关备案。法定代表人签署的文件或加盖企业法人公章的文件均是代表企业法人的法律文书。
企业法人的法定代表人一般不得同时兼任另一企业的法定代表人。
因特殊需要兼任的，只能在隶属关系或投资关系的企业兼任，并由企业主管部门或登记机关从严审核。
企业法定代表人须具备以下条件:
(一)具有完全民事行为能力;
(二)有企业所在地正式户口或临时户口;
(三)具有管理企业的能力和有关的专业知识;
(四)从事企业的生产经营活动;
(五)产生的程序符合国家法律和企业章程的规定;
(六) 符合其他有关规定的条件。
凡有下列情形之一的人员(除国家另有规定外)，不得担任企业法人法定代表人:
(一)因违法经营被吊销营业执照的企业原法定代表人，自决定吊销营业执照之日起未满3年的;
(二)因经营不善被依法撤销或宣告破产的企业的负有主要责任的法定代表人，自核准注销登记之日起未满3年的;
(三)刑满释放、假释或缓刑考验期满和解除劳教人员，自刑满释放、考验期满或解除劳教之日起未满3年的;
(四)因从事违法活动被司法机关立案调查，尚未结案的;
(五)各级机关(包括党的机关、国家权力机关、行政机关、审判机关、检察机关)在职干部和军队在职现役军人;
(七) 国家法律、法规和政策规定不能担任企业领导职务的。