申请流程如下：
一、申请人向省局政务受理部门提交申请材料。省局政务受理部门在5个工作日内进行形式审查，符合规定的，发给受理通知书，并将申请材料移交药品化妆品流通监管处；不符合规定的，发给不予受理通知书并一次性书面告知申请人所要补正的全部材料。
二、药品化妆品流通监管处收到申请材料后，在14个工作日内进行审核、审批，批准的，制作《互联网药品信息服务资格证书》，移交省局政务受理部门；不予批准的，制作《不予行政许可决定书》，移交省局政务受理部门。
三、省局政务受理部门收到材料后，在1个工作日内通知申请人，并发放《互联网药品信息服务资格证书》或《不予行政许可决定书》。
厦门互联网药品信息服务许可证办理条件：
1、申请者依法设立的企业；
2、有相对应的备案过的公司网站；
3、有两名以上熟悉药品、医疗器械管理法律、法规和药品、医疗器械知识，或者依法经资格认定的药学、医疗器械技术人员。上海互联网药品信息服务许可证办理材料：1、营业执照复印件；2、网站域名证书或相关证明文件；3、申请经营性互联网药品信息服务的网站需提供收费栏目及收费方式的说明；
4、食品药品监督管理部门在线浏览网站上所有栏目、内容的方法及操作说明；
5、药品及医疗器械相关技术人员学历证明或者其技术资格证书复印件、网站负责人身份证复印件及简历；
6、健全的网络与信息安全保障措施，包括网站安全保障措施、信息安全保密管理制度、用户信息安全管理制度；
7、保证药品信息来源合法、真实、安全的管理措施、情况说明及相关证明。