1-. Edman降解法：Edman降解是肽链或蛋白质N端氨基酸序列分析技术之一。蛋白质在弱碱性条件下与PITC反应，然后用酸处理将肽链的氨基酸残基以PTH-AA的形式释放出来用于序列分析的过程。
优点：1. 能够确定确切的N端氨基酸；2 释放的氨基酸用色谱法即可进行鉴定和定量；3. 可测定混合物中蛋白质的N端序列。
缺点：1. 不能测定n端被化学修饰的序列；2. 遇到非α氨基酸，测序将停止；3. 较大的蛋白质不能用Edman降解法进行测序；4. Edman降解法一般不能确定二硫键的位置。
2. 肽图谱分析：肽图谱分析是快速定位蛋白质序列的一种有效方法，也是蛋白质鉴定中的一种常用方法。该技术采用质谱分析肽，将获得的图谱与蛋白质数据库进行搜库分析，以获得氨基酸序列信息。
优点：1. 高特异酶消化产生的肽片段大小（m/z）从400到5000不等，对应 〜4-45个氨基酸残基，具有足够的特异性，与常用质谱分析仪的扫描范围一致；2. 结合特异性和非特异性蛋白酶，实现1_0_0_%覆盖任何蛋白质or多肽。
缺点：1. 仅测定肽段的质量，其它蛋白质的污染可能会影响分析的准确性；2. 只有数据库中已经存在的蛋白质能被鉴定。
3. 蛋白质从头测序：蛋白质从头测序是一种基于酶裂解肽的方法，肽在质谱中表现出规则的断裂，从规则质谱峰的质量差中获取氨基酸信息。
优点：1. 不需要参考数据库，直接从实验串联质谱图谱推导全长或部分基于标签的肽序列；2. 可鉴定新的多肽、未测序的生物和抗体药物。
缺点：1. 样品污染、同位素峰干扰、肽段不完全解离导致的大部分图谱中重要b-离子峰或y-离子峰丢失；2. n端和c端信息丢失以及各种噪声干扰。都会导致从头测序方法准确性下降，难以获得正确的肽序列信息。
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