C端氨基酸测序法主要有羧肽酶法、化学法和基于质谱的方法等，羧肽酶法和串联质谱法是zuì常用的C末端氨基酸序列分析方法。羧肽酶是一种专一性水解C末端氨基酸的蛋白酶，可从蛋白质C端开始逐个释放氨基酸残基，然后再通过色谱法或质谱法对切割的氨基酸进行逐一鉴定。质谱法不需要使用专一性的切割酶，利用常规的蛋白水解酶如胰蛋白酶等对蛋白质进行酶解消化，将获得的肽段混合物进行串联质谱分析，再根据相应的质谱数据获取肽段的序列信息，从而拼接出C末端的氨基酸序列。
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