增值税的计算方法有直接计算法和间接计算法之分。所谓直接计算法是指先直接计算出增值额，再乘以税率，求出应纳增值税的方法。具体运用上又分为加法（将构成增值额的各要素相加）和减法（又称扣额法，以产品销售额扣除法定扣除额后的余额作为增值额）。所谓间接计算法，又叫扣税法，是指并不直接计算增值额，而采用抵扣税款的方法，计算应纳增值税的税额。
目前，我国采用国际上普遍采行的扣税法，在计算纳税人的应纳增值税税额时，可以按照税法规定的范围凭进货发票注明的税额，从当期的销项税额中抵扣购进货物或者应税劳务已缴纳的增值税税额（即进项税额）。
其计算公式为：应纳税额=当期销项税额一当期进项税额
从计算公式不难看出，增值税的计算取决于当期的销项税额和当期的进项税额两个因素。