个人股权转让所得个人所得税以被投资企业所在地税务机关为主管税务机关。
1.线上办理渠道：扣缴义务人在自然人电子税务局扣缴端申报完成后，被投资企业可通过电子营业执照（或法人一证通）登录一网通办“个人股权变更一件事”模块后为出让方自然人股东发起税务查验申请，查验通过后可在该办件流程中直接提交市场监管部门变更申请。通过一网通办线上办理的，可在“办件查询”里查询办理进度；查验通过的，会生成《自然人股东股权变更完税情况表》，自动推送至市场监督管理部门。
2.线下办理渠道：申请人可至主管税务机关大厅办理个人股权转让申报并提交查验申请。通过主管税务机关所在地办税服务厅申请的，查验通过后，可由被投资企业登录上海市电子税务局查询、打印《自然人股东股权变更完税情况表》。申请人也可向窗口税务人员领取。