1、征收情形不同。税务机关为了确保税款的征收准确性，为根据不同的情况采用不同的征收形式。核定征收适用于纳税人的账本不健全，并且资料大量确实难以查账，或者是难以准确查询纳税人应纳税额，税务机关依据税法进行税款征收。查账征收则适用于账本、凭证、财务审核制度相对健全能够正确计算应纳税款。
2、征收税率不同。不同的征收方式，所采用的税率时不同的。查账征收是由明确的计算方式的，在一定程度上算是定额征收，而核定征收的税率则时需要根据企业的性质不同来核算税率的。虽然不同行业的核定征收税率大不相同，但一般来说采用核定征收的税款要比查账征收的税款低。
补充：什么情况下可以认定为核定征收？
《税收征管法》第三十五条规定，纳税人有下列情形之一的，税务主管机关有权核定应纳税额：
1、根据法律、行政法规的规定，可以不设账簿的;
2、应当按照法律、行政法规的规定设置但尚未设置账簿的;
3、擅自销毁账簿或拒绝提供税务信息的;
4、虽然设置了账簿，但账目混乱或成本数据、收入凭证、费用凭证不全，难以查账的;
5、发生纳税义务，逾期不报税，被税务机关责令限期报税，逾期不报税的。