2006年我国通过了修订后的《中华人民共和国合伙企业法》，建立了有限合伙制度。该制度结合了公司和普通合伙两种企业制度的优点，因其优越性，深受投资人的青睐。有限合伙企业被广泛应用于投资持股，如有限合伙基金、员工股权激励等等。
但因合伙企业税制仍不完善，实务中通过有限合伙持股仍然存在诸多税务难点和争议点。纳税人选择通过有限合伙进行对外投资时，应考虑相关的税务影响。其中有关有限合伙基金的税制存在较多细节，限于篇幅我们将另文讨论。
一、有限合伙企业税制概述
根据《合伙企业法》的规定，有限合伙企业是由普通合伙人和有限合伙人组成的合伙企业，其中普通合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任，有限合伙人以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任。
《国务院关于个人独资企业和合伙企业征收所得税问题的通知》（国发〔2000〕16号）规定，自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。
《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号），规定了合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则，《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）再次对“先分后税”原则的细节进行明确。即：合伙企业实现的所得，无论利润分配与否，均按照合伙比例计算各合伙人的应税所得。其中，自然人合伙人根据所得的性质分别适用“利息、股息、红利所得”和 “个体工商户的生产、经营所得”缴纳个人所得税，法人合伙人则缴纳企业所得税。
2021年12月30日，财政部、税务总局发布的《关于权益性投资经营所得个人所得税征收管理的公告》（财政部 税务总局公告2021年第41号）（以下称“41号公告”）中还规定，个独合伙企业负有主动如实向税务机关报送持有权益性投资的义务。
二、有限合伙为何广受投资人青睐
根据《合伙企业法》的规定，有限合伙企业由普通合伙人和有限合伙人组成。有限合伙这种组织形式之所以深受投资人青睐，是因为通过有限合伙企业持股具有如下优势：
选择有限合伙企业作为持股平台，LP不执行合伙事务，不得对外代表有限合伙企业，便于保障GP的控制权。比如员工持股平台，一般由创始人担任GP，被激励的员工则作为LP进入持股平台，如此能够充分保障创始人对公司的控制权。
LP仅履行出资义务即可，且承担有限责任，便于有限合伙企业募集资金。
除此之外，根据《合伙企业法》和《企业所得税法》，合伙企业属于税收透明体，在合伙企业这个层面不征收企业所得税，经营收益直接由合伙人缴纳一次所得税即可。对税负的考量，也是人们选择有限合伙持股的重要因素。
三、有限合伙持股，税务难点有几何？
1、核定征收被取消后，有限合伙企业即便注销，合伙人依然存在被要求补税的风险
根据41号公告的规定，持有股权、股票、合伙企业财产份额等权益性投资的个人独资企业、合伙企业，一律适用查账征收方式计征个人所得税。其实早在此前，北京、上海、江西、山东等多地已陆续取消核定征收。
其中，上海市税局去年宣布：从2021年8月1日开始，上海一般纳税人个独/合伙企业所得税征收方式由核定征收全部改为查账征收。我们知道，一年度内不能有二种征收方式，所以查账征收会从2021年1月1日开始，这意味着相关企业可能会面临被要求补税。随着政策颁布，大量核定征收的有限合伙企业排队注销。
那么合伙企业注销以后，税务机关是否还能向相关的合伙人追缴税款呢？有限合伙本身属于所得税的税收透明体，不涉及缴纳所得税，而是由每个合伙人按规定缴纳。因此，即使合伙企业被注销，如果存在税收违法行为或少缴税款的行人，合伙人依然存在被追缴税款的风险，并且普通合伙人原本就承担连带责任。
2、有限合伙企业转让股权所得定性有争议
自然人通过合伙企业转让股权所得如何纳税一直是个有争议的问题。41号公告发布后，各地税务机关陆续开展对存在股权转让行为的有限合伙企业的税务检查，要求投资者按照生产经营所得5%—35%缴纳税款（选择单一核算的基金除外）。然而，自然人直接投资情形下的财产转让适用20%的个人所得税率，而通过有限合伙企业投资适用5%—35%的累进税率，在税制上仍存在一定争议。
我们认为，对于自然人LP取得的所得性质的界定，不应该由于税收透明体的存在而导致性质发生改变，此类规定既不符合税制原理，又违税收中性原则。针对股权转让的税收应回到税收中性原则，对其税收安排不应扭曲投资者和管理人的正常投资行为，保护投资者的积极性和不同组织形式的灵活性，为金融市场的健康发展和繁荣稳定夯实制度基础。
近年来，我国的粤港澳大湾区、海南自贸港和横琴粤澳深度合作区等地先后制定了个人所得税优惠政策，以这种方式吸引人才、支持本地区建设。多地制定了个人所得税负不超过15%的优惠政策，吸引了越来越多投资者的目光，有关这些区域性税收优惠政策的更多具体细节，我们将另文讨论。
有限合伙企业作为持股平台，既有优势，又存在着不少税收痛点。现行税法对有关有限合伙企业的核定征收、股权转让、税基确认及股票减持等方面的规定仍然略显粗糙，导致合伙企业税制在实践中争议重重。41号公告出台后，合伙企业持股备受税务机关关注。纳税人在选择该类持股模式的时候，务必慎重。