按照《控制污染物排放许可制实施方案》国办发〔2016〕81号、《排污许可证管理暂行规定》(环水体[2016]186号)、《关于开展火电、造纸行业和京津冀试点城市高架源排污许可证管理工作的通知》(环水体[2016]189号)、《造纸行业排污许可证申请与核发技术规范》、《火电行业排污许可证申请与核发技术规范》、《水泥行业排污许可证申请与核发技术规范》、《钢铁行业排污许可证申请与核发技术规范》和《电镀行业排污许可证申请与核发技术规范》(征求意见稿)等文件要求，整理出了新版排污许可证办理的重点和难点，具体如下：
(1)办理流程由纸版提交转变为网上申报为主
企业首先需在国空排污许可信息公开系统上注册，填写有关申请表，并将有关信息向社会公开，然后向有核发权限的环境保护主管部门提交通过平台印刷的书面申请材料。
新版排污许可证的申领，强化了网上申报的工作，要求企业学习、熟悉国家排污许可证技术规范和排污许可证管理信息平台的使用。
(2)填写的表格多、内容全面详细具体、涵盖生产、治污、管理全过程
新排污许可证申请表，企业需填写的信息内容非常全面、详细，申请表格达到20个以上。涵盖了排污单位基本情况(排污单位基本信息、主要产品及产能、主要原辅材料及燃料、产排污环节、污染物及污染治理设施)、污染物排放信息(排放口基本情况、排放执行标准、申请排放信息)、环境管理要求(自行监测、环境管理台账记录)等内容。要求企业建有比较完善的环境管理制度，更加规范填写申报。
(3)统一的排污许可证编码规则新要求
排污许可证相关编码的使用也是新证办理的难点之一，目前环保部已经基本完成排污许可证编码规则的制定，按此规则排污许可证编码体系由固定污染源编码、生产设施编码、污染物处理设施编码、排污口编码4大部分共同组成。所有编码具有唯一性、稳定性和兼容性。
(4)自行监测的新要求
目前相当一部分企业已开展了自行监测，但普遍存在不规范、不了解的情况，新的《排污许可证管理暂行规定》对于自行监测提出了详细具体的要求，企业务必在申报前进行完善。
新版排污许可证，要求企业制定自行监测方案和监测管理要求。自行监测方案中因严格按照国家要求明确企业的基本情况、监测点位、监测指标、执行排放标准及其限值、监测频次、监测方法和仪器、采样方法、监测质量管理、监测点位示意图、监测结果公开时限等。
企业需自行或委托第三方监测机构开展监测工作，并安排专人专职对监测数据进行记录、整理、统计和分析。
(5)环保台账的新要求
环保台账管理一直以来是企业环保的薄弱环节，让环保台账管理实用化成为企业环保管理的必要要求。因此要求企业务必在申报前进行全面核查和完善。
建立环境管理台账制度，设置专职人员进行台账的记录、整理、维护和管理，目前，已发布的《火电行业排污许可证申请与核发技术规范》、《造纸行业排污许可证申请与核发技术规范》、《水泥行业排污许可证申请与核发技术规范》、《钢铁行业排污许可证申请与核发技术规范》均明确要求：台账应当按照电子化储存和纸质储存两种形式同步管理，台账保存期限不得少于三年。并对台账的记录内容作了较具体的规定。
(6)环境信息公开的新要求
环境信息公开一直以来是很多企业的“短板”，目前大部份企业没有按要求开展环境信息公开或开展的环境信息公开不满足规定要求。《排污许可证管理暂行规定》(环水体[2016]186号)在“排污许可证目录“中明确规定了”信息公开“的要求。
(7)年许可排放量计算的新要求
年许可排放量必须按照排污许可证申请与核发技术规范要求计算。以往企业在计算排放量方面一直存在薄弱环节，此次新证要求的排放量计算复杂，因此企业需要在此方面进行技术培训和学习。
排污企业需严格按照相应行业排污许可证申请与核发技术规范中不同污染物年许可排放量的计算方法，计算出企业不同排放污染物的年许可排放量，计算过程需作为附件上传。要求企业学习技术规范，熟悉计算方法。
(8)执行报告的新要求
企业持证期间，还应自行或委托第三方咨询机构编写年度执行报告，执行报告包括企业基本信息、生产负荷、污染物产生和排放、污染治理设施运行、许可限值达标情况、自行监测、台账建立与记录以及许可证规定的各项相关环境义务履行等情况。