粪便代谢组学就是研究动物粪便中所包含的小分子代谢产物的科学，粪便中包含了成百上千的代谢产物，这些代谢产物来源于机体全部的代谢途径，通过对特定的代谢产物进行研究可以聚焦某一特定的生命活动。研究表明，粪便中的代谢产物与肠道微生物、年龄、肥胖和宿主遗传等有密切关系，粪便代谢组学也为探索微生物组成、宿主表型以及复杂遗传性状之间的联系提供了新的研究方法和途径。此外对粪便中的代谢物进行分析在疾病诊断以及临床治疗效果追踪中也具有重要意义。
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