细菌屋要放到滤槽中，一般能放多少放多少，因为细菌屋越多，培养的硝化细菌就越多，这样硝化系统会更稳定，有利于整体的生态循环。需要注意的是，过滤分为物理过滤和生物过滤，第一层多用物理过滤，也就是放过滤棉，后面才用到生物过滤，如果水流没有经过物理过滤清除杂质，培菌就会受到影响。
二、细菌屋怎么使用1、清洗消毒：使用细菌屋之前，一定要给它清洗消毒，这样做的目的是防止它将有害菌带入到鱼缸中，从而影响鱼儿的正常生长。可以准备高锰酸钾溶液，将细菌屋放到里面浸泡，一段时间后换清水冲洗即可。
2、倒入细菌：虽然养鱼只要时间够长，硝化系统早晚可以建立，但在这个过程中，鱼儿可能会出问题。所以想要尽早培养硝化细菌的话，可以定期倒入一些。通常在第一个月，每周都要添加一点。
3、关灯爆氧：硝化细菌属于好氧菌，同时很不喜欢光照，因此为了培养它，**关灯爆氧，这样可以加速生长繁殖，有利于硝化系统的建立。