建筑工程施工总承包二级资质变更流程通常包括以下步骤：
1. 准备资料：准备变更申请表、公司介绍信、变更原因说明、变更项目说明等必要资料。
2. 填写申请表：按照规定填写申请表，注明要变更的资质等相关信息。
3. 相关证明文件：提供公司法人营业执照、公司资质等级证书、社保和税务证明等相关证明文件。
4. 相关手续：提供施工安全许可证、施工图纸、承包人与勘察单位、设计单位合同等相关手续。
5. 提交审核：将所需申请材料交至当地行政主管部门进行审核。
6. 审核过程：行政主管部门进行审核，检查相关资质是否符合规定，如符合规定则通过审核，否则需要进行补充材料或其他处理措施。
7. 完成变更：审核通过后，进行相关手续和程序，完成资质变更。
需要注意的是，不同地区的相关规定和程序可能会有所不同，所以在进行变更申请前应确认当地相关规定。同时，应按照规定提交申请材料，以免影响审核和变更进程。