蛋白质质谱定量技术按照其是否使用同位素标记可以分为标记策略和非标记策略（Label Free），标记策略可以进一步分为TMT、iTRAQ、SILAC、ICAT、15N代谢标记等。根据质谱检测时所采用的扫描模式又可以将蛋白质质谱定量技术分为基于DDA（数据依赖型采集模式）、DIA（数据非依赖型采集模式）和MRM/PRM（多反应监测/平行反应监测）的定量方法。
标记和非标记定量策略都是基于DDA扫描模式的非靶向定量蛋白质技术，可以尽可能多的、对成百上千的蛋白质进行含量鉴定。基于MRM/PRM采集模式的靶向蛋白质定量技术旨在对目标蛋白质或特定蛋白质进行含量分析，一次性可以对多达200多种蛋白质进行jīng确的含量鉴定。基于DIA扫描模式的SWATH定量技术结合了DDA的高通量和MRM/PRM的精准定量的优势，可以对样品中几乎所有的蛋白质组分进行高jīng确度的含量鉴定。综上，不同的蛋白质质谱定量技术可鉴定的蛋白质数量不同，从特定的目标蛋白到成百上千的蛋白不等，在实际操作中可根据具体的实验目的选择相应的检测手段。
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