多肽的氨基酸序列分析就是对组成多肽的氨基酸种类、数量以及排列次序进行鉴定，也称为多肽测序，属于多肽一级结构鉴定的内容。目前较常用的多肽氨基酸序列分析方法包括经典的Edman降解法、C末端酶解法、C末端化学降解法以及新兴的质谱法等。
Edman降解法主要是对多肽的N末端氨基酸序列进行分析，但是其对N末端封闭的肽链无能为力。此外，Edman降解法测序速度较慢、样品用量较大、样品纯度要求很高，而且对发生修饰的氨基酸残基识别的准确性不高。C末端测序法在寻找理想的PITC化学探针方面仍面临着很大的困难。在这种背景下，高分辨率（达fmol级）、高准确性以及操作简便的质谱测序技术则备受青睐，质谱分析技术的灵敏度及准确性与待测物的分子质量成负相关，分子量增大时检测结果的准确性明显降低，多肽的分子量相比蛋白质小得多，因此采用质谱进行多肽氨基酸序列分析比蛋白质简单，许多研究均是以多肽作为分析对象。
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