蛋白质组学分析可以获得蛋白质的jué对浓度，要测定蛋白质的jué对浓度首先要利用jué对定量方法获得该蛋白的jué对含量。目前，常用的蛋白质组学jué对定量方法包括基于内标法策略和基于质谱数据统计分析的非标记方法。不同方法的基本原理见下表所示：
jué对定量方法
原理
内标法
同位素标记氨基酸jué对定量
将待测蛋白/肽段完全的水解为氨基酸混合 物，再加入已知浓度的、同位素标记的氨基酸作为内标，通过质谱检测测定样品中的蛋白/肽段的jué对含量
电感耦合等离子体质谱jué对定量
首先对蛋白或肽段中所含的磷或硫元素进行jīng确测定，再根据这两种元素在蛋白/肽 段中的含量计算该蛋白/肽段的jué对含量
同位素标签标记肽段jué对定量
用一对同位素标签分别标记待测的肽段和合成的、已知浓度的、氨基酸序列相同的肽段，经质谱检测即可测定样品中的蛋白或 肽段的jué对含量
非同位素标记肽段jué对定量
选择与被定量肽段性质非常相近的非同位素标记的肽段作为内标，对相应肽段或蛋白进行jué对定量
非标记（Label Free）蛋白质组jué对定量
蛋白质浓度经过相应的数学变换后与质谱数据的某些参数如肽段数目、鉴定的概率得分、被鉴定肽段的离子数、色谱保留时间等成线性关系，据此，可间接的计算蛋白混合物中单一蛋白的jué对含量或浓度
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