伯尔尼最古老的定居点可能是公元前2世纪下半叶的凯尔特定居点。
伯尔尼市于1191年由采林根的贝特霍尔德五世建立，一般认为这座城市得名于一只被击退的熊。1218年，贝特霍尔德五世去世，腓特烈二世授予伯尔尼帝国自由城市的头衔。1353年，伯尔尼正式加入瑞士邦联，也成为“老八州”之一。1405年，伯尔尼被一场大火焚毁，之后进行大规模重建，砂岩建筑取代了古老的木结构建筑。1415年，伯尔尼征服了阿尔高地区，1536年入侵并占领了沃州地区，形成了当时邦联内最大的领土。伯尔尼对沃州地区的控制维持了两百多年。1528年，贝希托尔德·哈勒在伯尔尼成功引入宗教改革。
在三十年战争期间，虽然瑞士保持中立，但伯尔尼仍然建造了两个新的防御工事来保护城市，战后伯尔尼获得了完全的国家主权。1798年，法国入侵瑞士，伯尔尼在奋力抵抗后宣布投降，并失去了一部分领土。至1802年，伯尔尼重新控制之前的领土，1814年维也纳会议之后，伯尔尼获得汝拉地区的领土。1848年，伯尔尼成为新宪法之下瑞士联邦内的联邦城市（即中央政府所在地）。1857年，联邦政府终于在伯尔尼建成联邦议会大厦。
1895年，伯尔尼成为瑞士首批市政选举中采用比例代表制的城市，之后社会民主党代表成功进入市政府。由于瑞士的中立地位，第一国际和第二国际的会议很多都在伯尔尼召开，一战结束后的1919年成立了伯尔尼国际。1979年，汝拉州通过公民表决正式从伯尔尼州分离出去。
2017年，欧洲新教教会社区正式授予伯尔尼“欧洲改革之城”的称号（瑞士共有10个城市入选）[3]。
伯尔尼的人口在1960年代到达峰值，为165000人，之后略有下降。2019年，伯尔尼人口为134591人，其中31%是常住的外籍居民。
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