超净台的空气循环有两种模式：开环和闭环。
开环空气循环模式如下
其主要特征是在每次循环中所有空气从外界采入并最终都回到环境中去，一般水平流的超净工作台都采用开环模式。这种模式的超净工作台结构较简单，成本低廉，但是风机和过滤器的负载较大，对其寿命会产生不良影响。同时完全开环的空气循环的洁净效率不高，且外排的空气可能会携带部分样本中的细菌等，可能会对环境造成危害。通常只用于洁净要求较低的或是无生物危害的场合。
闭环空气循环模式如下
其主要特征是在每次循环中所有空气从外界采入并最终都回到环境中去，一般水平流的超净工作台都采用开环模式。这种模式的超净工作台结构较简单，成本低廉，但是风机和过滤器的负载较大，对其寿命会产生不良影响。同时完全开环的空气循环的洁净效率不高，且外排的空气可能会携带部分样本中的细菌等，可能会对环境造成危害。通常只用于洁净要求较低的或是无生物危害的场合。
可见，闭环模式其实也不是完全封闭的气流循环，每次循环中将有的空气排放到环境空间，但这些外排的气体已经过一个外排高效空气过滤器的过滤。70%的气体流过工作区域后经导流孔重新进入下一个循环过程，较外界吸入的空气而言，这些气体还是比较纯净的，这样过滤器的负载就较小，寿命也会较长。这种空气循环模式为目前主流产品所采用。
