三类医疗器械经营许可证办理流程如下：
1.准备好需要的办理资料：
（1）《医疗器械经营企业许可申请表》；
（2）资格证明；
（3）营业执照或企业名称预先核准证明文件复印件；
（4）质量管理人的资格证明；
（5）售后服务人员的资格证明。
2.需要办理许可证的企业经办人携带以上资料前往所在地的市级人民政府食品监督管理部门申请经营许可；
3.管理部门受理资料，于30个工作日内进行审查，必要时组织核查；
4.若符合条件，则管理部门发放医疗器械经验许可证，若不符合条件，则管理部门不予许可并通过书面的方式说明理由。