(1)商业特许经营备案主管部门的确定
根据《条例》第八条和《办法》第三条的规定，商务部及省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门是商业特许经营的备案机关。在省、自治区、直辖市范围内从事商业特许经营活动的，向特许人所在地省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门备案;跨省、自治区、直辖市范围从事特许经营活动的，向商务部备案。
2009那年4月商务部下发通知，将跨省从事商业特许经营活动的企业备案工作委托省级商务主管部门承担。
2011年11月7日通过的修订后的《商业特许经营备案管理办法》第四条规定，商务部可以根据有关规定，将跨省、自治区、直辖市范围从事商业特许经营的备案工作委托有关省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门完成;第四条第二款规定，受委托的省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门未依法行使备案职责的，商务部可以直接受理特许人的备案申请。
2012年8月17日，商务部办公厅在关于进一步做好商业特许经营管理工作的通知中规定，各省级商务主管部门可根据实际需要，将备案材料受理和初审工作交由县级以上商务主管部门承担，以加强对特许人的属地化管理。
据此，自2009年5月1日起，除了境外特许人备案工作仍由商务部承担外，其他开展特许经营活动的特许人应向省级商务主管部门进行备案，部分地级市或县负责备案材料的受理和初审工作。
但也有个别省把备案工作授权给了下属的地级市。例如，河北省2012年12月6日发布《河北省关于下放商业特许经营备案工作的通知》，自2013年1月1日起，商业特许经营备案工作交由设区市商务局办理，县(区)级商务部门负责出具“两店一年”证明。
《山西省商业特许经营备案管理办法(试行)》第五条规定，在山西省境内从事特许经营的特许人向所在地设区市商务主管部门备案，跨市经营的向省商务厅备案。
因此，我国负责特许经营备案的部门包括商务部商务主管部门、省级商务主管部门和部分设区市级商务主管部门。
(2)领取特许经营备案号(登录号)
登录号是特许人通过网络申请备案的唯一身份凭证，特许人在获取商务部备案系统网站登录号以后，输入登录号及密码，即可进行备案页面的备案操作，上传和修改文件。
通过登录号的投放和获取，保证特许人能在自己的空间中接受公众的监督和备案机关的管理，将不确定的安全因素降低到zui低。
领取登录号只是申请备案前的一个身份审查过程，正如企业办理登记以前应该去工商行政管理机关领取登记表格一样，属于备案前的准备工作之一，不属于《条例》第九条规定的期限开始之日正式申请备案时间应从特许人获得登录号以后通过网络提交全部文件资料完成之日起开始计算。
风险点一：特许人是否具备特许经营资质，能否依法完成备案
1.我国《商业特许经营管理条例》(以下简称《条例》)第七条：“特许人从事特许经营活动应当拥有至少两个直营店，并且经营时间超过1年。”
2.《条例》第八条规定“特许人应当自shou次订立特许经营合同之日起15日内，向商务部主管部门备案。”
风险点二：被特许人以及进行特许经营的主体是否清晰
自然人以自己名义作为被特许人签订特许经营权合同的，如拟成立项目公司实际运营，则应当约定合同权利义务的承继条款。
风险点三：特许经营资源是否内容具体，罗列清晰
根据实际情况，列明特许人拥有的经营资源，以此作为双方权利义务的基础，根据具体包括①知识产权：品牌、商标、专利、专有技术、标志、商号、企业标志及VI视觉系统，经营管理模式、方案等。②经营技术资源：A.品牌字号;B.营运和促销方案;C.形象识别;企业标志;CIS系统;D.企业文化和荣誉;E.统一的广告资源和广告效应;F.营运手册和教育培训;G.店堂装修、商品陈列方案等。
风险点四：特许人权利来源性质是否清晰
1.特许权涉及的商标、专利等各项特许权人权利不存在权属争议;
2.陈述特许人权利来源系本身所有或者来自第三人授权，如系第三人授权，则应明确该授权第三人的基本信息，同时应当明确其授权有效范围，以及本次协议转授权是否得到原权利人的许可，以及在原授权中止或终止的情况下，如何处理本次特许授权;
3.商标/专利申请注册的进展及权利证书号码，特许经营期限能够被函括在商标/专利有效期之内;
4.运营管理、VI\CI\培训指导、装修装饰手册等经营手册的著作权明确归属编写方或其他著作权人，被特许人具有合法的使用权;
5.对于涉及特定商标等的许可的，应当约定将商标使用许可合同报商标局备案，发生公示效力。
风险点五：特许经营期限合法合理
1.除非被特许人同意或者续约情形，否则一般应有不低于3年的特许经营期限;
2.合理的续约条件;
3.经营期限与店面租期相匹配;
4.期满后合同终止时被特许人合理的清货期(回收过渡期)。
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