二类医疗器械经营备案办理流程：
1、申请办理：
登录官方的申请系统网站，在检索栏搜索医疗器械注册审批的办理事项，在相关栏目中选择“第二类医疗器械注册证核发”，点击进去之后就可以填报企业的相关资料，并上传电子文件。
2、提交资料：
在办理机关单位收到企业的线上申请资料之后，会在五个工作日之内给予答复。受理之后的企业就可直接去现场提交办理资料。若是不受理的，会告知缘由，企业根据他们给出的原因进行相应的修改，申请材料不齐全的需要补齐，或者是有的不符合法定形式，需要不正全部内容。
3、获取结果：
申请人可以在食品药品监督管理局的审批查询栏或办事平台内查看自己的办理进度，通过之后就能得到经营许可了。现在通常都是用的电子证书，一般也不会再发放纸质版的证书了。如果有需要的，申请人可以自行打印出来。数字证书可在受理大厅内自助打印。