设立子公司的纳税申报风险马来西亚目前无关于合并申报的规定。但根据集团内抵扣制度，居民公司可以转移当年亏损的 70%至一个或者多个关联公司。集团内抵扣必须符合以下条件：
(1)在相关纳税年度，集团公司在基础开始阶段(即转移和接收公司)的实收资本超过 250 万林吉特;
(2)在要求抵减所属期间内及其之后的12 个月内，集团公司之间的关联关系必须持续存在;
(3)对集团公司应纳税所得额的税率是一致的;
(4)集团公司有同样的会计结束年度。享有新兴工业地位、投资税收津贴、再投资津贴或航运利润豁免的公司不具备团体抵扣的资格。此外，与关联公司之间的交易，无论是马来西亚境外或境内都必须公开年度所得税申报表，包括采购、贷款和其他费用及收入。
马来西亚境外投资(ODI)备案如何办理？涉及到商务部、发改委以及外汇局三个部门。
首先，境内企业股东需要向省级商务部门和省级发改委办理ODI备案手续。商务部负责整体审批企业境外投资事项，为符合要求的企业颁发《企业境外投资证书》。
其次，发改委负责监管企业境外投资行业流向，为满足条件的企业颁发《境外投资项目备案通知书》。
蕞后，外管局负责监管外汇登记和资金出境的相关手续。备案手续完成之后，需要根据《境内机构境外直接投资外汇管理规定》，在银行完成外汇登记手续。
整个流程耗时将近2-3个月，办理成功后会得到两份分别由商务部和发改委颁发的证书——《企业境外投资证书》和《境外投资项目备案通知书》。
需要注意的是：如果是涉及敏感行业，无论项目投资金额大小，一律提交商务部和发改委进行核准。
一、ODI备案的申请流程：
境外投资(ODI)备案涉及到商务部、发改委以及外汇局三个部门。
其次，发改委负责监管企业境外投资行业流向，为满足条件的企业颁发《境外投资项目备案通知书》。
最后，外管局负责监管外汇登记和资金出境的相关手续。备案手续完成之后，需要根据《境内机构境外直接投资外汇管理规定》，在银行完成外汇登记手续。
二、ODI备案(境外投资备案)的办理标准
通常情况下境外投资备案需要通过相关部门的审核，审核会比较严格，ODI境外投资备案需要符合以下条件∶
1.申请备案的大陆公司好成立一年以上，如果是成立时间不足一年的企业，难以提供完整的审计财务报表的，无法通过部门的批准或备案;
2.申请备案的大陆公司近一年独立第三方会计事务所出具的审计报告不得显示出现亏损;
3.申请备案的大陆公司净资产回报率好高于5%，越高越好;
4. 申请备案的大陆公司资产负债率好低于70%，越低越好。
三、企业不办理ODI备案的后果有哪些?
1、资金进出受限完成备案后，企业能够以合法合规的方式实现资金出/入境，否则资金将无法通过银行合法汇出，未来境外主体的利润红利返程亦会受限。
2、无法完成返程投资若境内企业的境外子公司拟返程投资大陆企业，如果没有办理ODI备案手续，则无法完成返程投资，这对于未来有海外上市规划的企业而言需要特别关注。
3、无法享受政府补贴和奖励若未办理ODI备案手续，境内企业无法享受我国政府相关补贴和奖励，包括境外知识产权纠纷和“两反一保”应诉补贴等。
4、惩戒措施未办理ODI备案即进行境外投资的，境内主体将在一定时限内被禁止任何境外投资行为。相关主管部门有权责令境内主体中止或停止实施该项目并限期改正，对境内主体及有关责任人处以警告;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
登记注册制度中国企业在马来西亚设立代表处(办事处)、分公司、有限责任公司或股份有限公司，均须到马来西亚公司注册委员会(SSM)或通过互联网提交申请，进行注册登记。公司注册官员审查拟议中的公司名称是否被使用，如未被使用，则该名称为申请者保留3 个月。3 个月之内，申请者依据不同的企业形式相应地向注册官提供不同的文件。公司注册官审査申请材料，批准公司注册，并发出同意公司注册文书以及公司代码(主要供缴纳税务使用)。公司注册完毕后，可凭有关文件到马来西亚当地银行开设公司银行账户