一、两者成立的法律依据不同。
个人独资企业是依据《个人独资企业法》成立和规范运行的，而个体工商户是依据《城乡个体工商户管理暂行条例》成立和规范运行的。
二、两者成立的条件不同。
(1)个人独资企业必须具有合法的企业名称，企业名称要与其责任形式及从事的营业相符合，不得使用“有限”、 “有限责任”或者“公司”字样。而个体工商户是否采用字号名称，完全由经营者自行决定，法律、法规无特别要求。
(2)个人独资企业必须具有固定的生产经营场所和必要的生产经营条件及从业人员。而个体工商户无此限制，从事客货运输、贩运以及摆摊设点、流动服务的个体工商户无须固定的经营场所。
三、两者享有的权利不同。
(1)个人独资企业享有企业名称专用权，其企业名称可以依法转让。而个体工商户的字号名称一般不能转让。
(2)个人独资企业可以设立分支机构，由投资人或者其委托的代理人向分支机构所在地的工商行政管理机关申请登记，领取营业执照，分支机构的民事责任由设立该分支机构的个人独资企业承担。而个体工商户不能设立分支机构。
(3)个人独资企业享有广泛的经营自主权，包括依法申请贷款权、取得土地使用权、外贸经营权、获得有关技术权、广告发布权、商标印制权、招用职工权等。而个体工商户在土地使用、外贸经营、广告发布、商标印制及招用职工等权利上受到一定的限制。
(4)个人独资企业的投资人可以自行管理企业事务，也可以委托或者聘用其他具有民事行为能力的人负责企业事务的管理。而个体工商户必须亲自从事经营活动。
四、两者缴纳的税费不同。
个人独资企业依照国家对企业征税的有关规定执行，不需交纳管理费。
五、两者的清算程序不同。
个人独资企业解散，由投资人自行清算或者由债权人申请人民法院指定清算人进行清算。而个体工商户歇业时无清算程序，只需向原登记机关办理歇业手续，缴销营业执照。
六、两者承担民事责任的时效期间不同。
个人独资企业解散后，原投资人对企业存续期间的债务仍应承担偿还责任，但债权人在五年内未向债务人提出偿债请求的，该责任消灭。个人独资企业应当承担民事赔偿责任和缴纳罚款、罚金，其财产不足以支付的，应当先承担民事赔偿责任。而个体工商户偿还债务的时效期间及承担责任的先后顺序无特别规定，适用《民法通则》中有关两年的诉讼时效。
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