1、体系不同
体系不同主要体现在依据的认证标准不同。目前，在食品领域认证的食品安全管理体系的审核标准是GB/T22000-2006和29个专项技术要求，而HACCP体系的审核依据是GB/T27341-2009危害分析与关键控制点（HACCP）食品生产企业通用要求和GB14881食品企业通用卫生规范。
2、一个是涵盖了系统化管理体系的全部特征，一个只是针对产品流程风险评估的工具
3、适用范围不同
从范围来说，22000适用于各个行业，HACCP适用食品及其相关行业。ISO22000内容涵盖食品各行业，可以与企业的各种制度、各种保证食品安全的措施管理体系（SSOP、GMP系列、HACCP等）整和；HACCP主要针对食品生产企业，针对的是生产链的全部过程的卫生安全（对消费者的生命安全负责），22000也包括卫生安全，不过它更具体化了，整合了HACCP和ISO9001：2000的部分内容，而且它除了能提高企业产品的an全保证以外，还能提高企业的管理能力。
4、认知不同
HACCP体系推广较早，人们的接受程度较高。很多通过了ISO22000体系的企业都宣传自己通过HACCP体系认证。
