马耳他专利申请提交工业产权注册办公室后会得到受理通知书，等待专利审查。专利审查过程取决于专利的种类和发明内容，一般将持续1年。实用新型和外观设计专利经过初步审查即获得授权，而发明专利通过初步审查将获得初步审查合格通知书，等待进入实质审查。
发明专利的实质审查：发明实质审查在工业产权注册办公室进行，主要审查评价专利申请的“新颖性”、“创造性”和“实用性”，专利文件撰写是否符合要求，例如，是否符合“单一性”，是否“公开充分”，是否“修改超范围”等。
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