在企业经营发展的过程中，部分企业会获得国家或有关部门下拨的具有专门指定用途或特殊用途的资金。通常，这种资金都会要求进行单独核算、专款专用，不能挪作他用。因此，为了解专项资金收支的真实性、合法性和效益性，这时候就需要开展专项资金审计。那么，要如何进行专项资金审计呢？
1、不仅要注重账簿审计，同时也不能忽视实际项目审计。这就要求审计人员不仅要对企业专项资金的收支总账、明细账和记账凭证等材料进行仔细审核，同时也要对实际项目进行现场查验，以分析、判断其是否存在高估冒算或实际使用量小于决算量等现象。
2、不仅要对账面收支凭证进行审计，同时也要对银行票据进行审计。此前，专项资金审计的传统方法是看账面收支凭证是否合理、合法、合规，而忽视了对银行票据的真实性及银行对账单的核对工作，因而使得弄虚作假的情况在一定程度上存在。但若重视加强对银行票据的审核力度，此类现象就可以得到有效避免。
3、在重视资金使用的同时，也不能忽略对资金使用效益进行审计。当前，审计人员在开展审计工作过程中，往往只注重审查专项资金是否实现了专款专用，而忽视了对专项资金使用效益的审查，从而无法真实、准确了解资金使用所产生的效益情况。
4、在注重资金到位率的同时，也要对资金到位的时间性进行审查。即审计人员不仅要在审计过程中计算资金到位率，并在审计意见中予以评价，同时还要注重审查专项资金到位的具体时间。
因为专项资金具有项目多、金额大、使用范围广等特点。所以一定要从上述四方面进行，才能够客观、公正、真实地了解专项资金收支的全貌。