细胞体外培养过程中，常见的污染包括细菌污染、霉菌污染及支原体污染，还有细胞间的交叉污染。细菌和霉菌污染在显微镜下甚至是肉眼就很容易识别。细菌污染时，培养瓶中的培养液变酸、变浑浊，显微镜下，细胞间大量活跃运动的细小颗粒，细胞大量死亡。霉菌污染时，严重时可见霉菌团块，漂浮在培养液中，显微镜下可见不同形态的霉菌菌丝。只有支原体污染，较难识别。常常对培养细胞的支原体的污染估计不足或被忽略。
支原体污染的潜在途径包括：
1、受污染的培养基、试剂或仪器
2、实验室人员（约80.6%的技术人员为支原体携带者）
3、其他实验室的被感染培养物
支原体的污染来源
（1）细胞之间交叉污染；
（2）细胞培养操作人员的口腔、皮肤等；
（3）工作环境或实验器材的污染；
（4）培养基的污染。
支原体检测的方法主要有培养法、荧光法、电子显微镜法和聚合酶链反应(PCR)法。美国食品和药品管理局(FDA)及欧洲要求必须进行培养法及利用指示细胞进行的DNA荧光法的检测。这两种方法特异性和敏感性都很好，但实验周期太长。抗体荧光法准确性不够。PCR法以其准确、快速及操作方便，作为筛选方法已被越来越多的实验室使用，培养法可作为后备。
在科学研究和开发研究中，避免支原体污染及减少支原体污染对科研、开发工作影响的好方法就是定期对培养的细胞进行支原体检测。这种常规支原体检测可大限度降低支原体污染，确保排除未知支原体与细胞相互作用而产生的严重后果。尤其是在研究领域，常忽视培养细胞中支原体的污染，或对支原体污染程度估计不足。迫切需要提高认识，加强对培养细胞支原体污染的检测。
在日常细胞培养工作中可采用以下几点来控制支原体的污染问题：
1.从可靠来源引进、使用细胞，特别是的信誉良好的专门机构，如ATCC、基础医学细胞中心等，这些机构对细胞质量进行一系列检测。
2.预防为主：细胞培养实验室应制定严格的管理制度，按照规范的实验程序操作。特别提醒一般实验室可从戴口罩、帽子做起。
3.定期对实验室中的培养物进行支原体检测。这也是国外一些重要实验室的经验。一旦发现已经污染支原体的培养物，灭活后弃之。更换新的培养物。避免支原体的进一步播散。